Annenin çeşitli hastalıkları, fetal sıkıntı (distres), bebeğin bir an önce doğurtulmasını gerektiren riskli gebelikler, psikolojik nedenler (annenin doğumdan korkması) sezeryan sebepleri arasında sayılabilir.
Bebeğin normalden iri olması (4500gr den fazla) veya annenin kalça yapısının dar olması doğumu güçleştiren önemli nedenler arasındadır. Çok ciddi anormallikler dışında, muayene ile pelviste darlık saptanması doğumun gerçekleşmeyeceğini göstermez. Pelviste darlık olan bir anne adayının bebeği de küçük olabilir ve beklenmedik bir şekilde rahat doğabilir. Tersi de geçerlidir. Pelvisi oldukça müsait olan bir kadının bebeği normalden iri olabilir ya da doğum kanalına normalde girmesi gereken pozisyonların dışında bir pozisyonla girdiği için doğum gerçekleşemeyebilir. Bu nedenle, bu tür durumlar için, iri bebek ya da dar pelvisten çok baş-pelvis uygunsuzluğu terimi tercih edilir. Bu durum da genellikle gebeliğin son haftalarından ve hatta çoğu zaman doğum eylemi başlamadan önce saptanamaz. Baş-pelvis uygunsuzluğu sadece başın büyük veya kalçanın dar olmasına bağlı değildir. Bebek normal kiloda kalça oldukça müsait olabilir ama bebek istenen pozisyonda olmayabilir. Bebeğin sorunsuz doğum kanalında ilerleyebilmesi için belli pozisyonlarda pelvise girmesi ve belli manevraları yapması gerekir. Eğer, normal dışı bir pozisyonda girerse en küçük çaplarını doğum kanalına uyduramayacağı için doğum güçleşir veya gerçekleşemez, sezeryana almak gerekir.
Bebeğin rahim kanalına baş önde gelmemesi de sorun yaratır. Baş dışı gelişler tüm gebeliklerin %5 civarında görülebilir. Makat geliş bazı koşullar sağlandığı taktirde mümkün olsa da anne ve bebek için riskleri arttırdığından sezeryan tercih edilebilir.  İkiz gebeliklerde her 2 bebek de baş ile doğum kanalına yönelmişse normal doğum denenebilir. Diğer tüm durumlarda sezeryan yapılması önerilir. İkizden daha fazla çoğul gebeliklerde ise sezeryan tercih edilir.
Yapılan doğum öncesi fetal iyilik testlerinde fetusun sıkıntıda olduğunu gösteren bulgular varsa veya normal doğuma bırakılan bir gebelikte bebeğin kalp atışlarında düşme olursa bu fetusun sıkıntıda olduğunu gösterir. Bu durumlarda bir an önce doğumu gerçekleştirmek ve bebeği normal doğum riskine bırakmamak gerekir. Bu nedenle, bu olgularda sezeryan önerilir.  Plasentanın rahim ağzını kapatması durumda normal doğum mümkün değildir. Plasenta previa gebelik sırasında yapılan ultrasonografide kolaylıkla saptanabilir. Bu durumda, normal doğum şansı vermeden direkt hastayı sezeryana almaka gerekir, aksi taktirde doğum sancılarının başlaması ile hastayı ve bebeği riske atacak kanama söz konusu olabilir. Plasentanın erken ayrılması da karşılaşılan bir sorundur. Normalde plasenta bebek doğduktan sonra rahimden ayrılır. Bir nedenle, bebek doğmadan rahimden erken ayrılması plasentadan beslenen bebeğin anne karnında ölümüne ve geç tespit edilirse annede aşırı kanamaya bağlı oluşan pıhtılaşma bozuklukları sonucu hayati riske neden olur. Çoğunlukla acil bir durumdur. Fark edildiği zaman bir kısım bebek kaybedilmiş olabilir. Saptanır saptanmaz acil sezeryana almak gereklidir.
Nadiren annenin su kesesi açıldığında bebeğin başı doğum kanalına oturmadan göbek kordonu sarkabilir. Bu çok acil ve tehlikeli bir durumdur. En kısa zamanda sezeryana almak gerekir. Göbek kordonu bazen bebeğin boynuna, koluna veya bacağına dolanabilir. Bu gebelik öncesi ultrason ile bazen saptanabilir ancak çoğunlukla olduğu gibi ultrason ile görülmeyebilir. Bu durumda rahim kasılmaları oldukça bebeğin aşağı doğru itilmesi göbek kordonunu sıkıştırır ve kalp hızında azalma olur. Bu şekilde kalp hızındaki yavaşlamalar kordon dolanması açısından uyarıcıdır ve sezeryana alınması uygundur. Annenin ıkınmasının sakıncalı olduğu hastalıklar (örneğin kalp hastalıkları, anevrizma), pelvik bölgede doğumu engelleyebilecek myom ya da yumurtalık kisti gibi kitleler, annenin geçirilmiş rahim operasyonları ya da daha önceki doğumunu sezeryanla yapması, annede genital herpes (uçuk) olması durumunda sezeryan gerekebilir. Annenin normal doğumdan korkması, sancı çekmek istememesi, az da olsa bebeği riske atmak istememesi, vajinusmusu olması gibi nedenlerle isteğe bağlı sezeryan yapılabilir.